Les entreprises implantées dans les DOM sont soumises aux mêmes impôts que leurs homologues métropolitains : impôt sur les sociétés ou impôt sur le revenu selon le régime, TVA (sauf en Guyane et Mayotte), taxe sur les salaires et contributions locales (CFE, CVAE, etc.).

Elles peuvent toutefois bénéficier d’avantages fiscaux propres aux DOM : un abattement spécifique pour les exploitants soumis à l’IR, un abattement pour les PME installées en zone franche d’activité nouvelle génération, une réduction ou une déduction au titre des investissements productifs neufs, ainsi qu’un crédit d’impôt dédié aux mêmes investissements. L’éligibilité dépend du régime d’imposition, du chiffre d’affaires et du choix d’opter pour l’un de ces dispositifs.

L’application de l’abattement est automatique pour les résidents DOM, tandis que les autres avantages requièrent le dépôt de formulaires spécifiques (2042, 2082‑SD, 2083‑SD, 2079‑CIOP‑SD, etc.) et le respect des obligations déclaratives. Le crédit d’impôt peut être préfinancé, cédé ou nantissé, et les excédents sont remboursés.

Les jeunes entreprises innovantes (JEI) ou de croissance (JEC) sont des PME de moins de huit ans, engagées dans la recherche et indépendantes. Elles bénéficient d’une exonération totale d’impôt sur les bénéfices la première année, puis d’une exonération partielle la suivante, ainsi que d’une possible exonération de la CFE et de la taxe foncière pendant sept ans, sous réserve d’une délibération locale et d’une déclaration électronique.

Les sociétés créées avant le 31 /12 2021 pour reprendre une entreprise industrielle en difficulté obtiennent une exonération d’impôt sur les sociétés pendant les 24 premiers mois d’activité. Elles peuvent également être exonérées de la CFE et de la taxe foncière (de 2 à 5 ans) si les collectivités locales en décident, à condition de déposer les formulaires requis.

Les jeunes agriculteurs qui perçoivent une aide à l’installation voient leur bénéfice imposable fortement réduit (jusqu’à 75 % selon le niveau de revenu) et sont exonérés de la CFE et de la taxe foncière sur les biens affectés à l’exploitation, pendant un maximum de 60 mois, sans cumul avec d’autres avantages fiscaux.

Toutes ces aides hors zonage sont soumises à des obligations déclaratives (formulaires 1447‑C/M, cases spécifiques dans les liasses) et à la limitation des aides de minimis.