Le contribuable peut choisir de ne pas transmettre son taux personnalisé de prélèvement à la source aux employeurs ou autres verseurs. Dans ce cas, les organismes appliquent le taux non personnalisé, ce qui peut entraîner soit un trop‑versement (remboursé l’été suivant), soit un sous‑versement (exigence d’un complément).

Le complément dû peut être réglé automatiquement chaque mois par prélèvement sur le compte bancaire enregistré, ou bien être payé manuellement chaque mois via le service « Gérer mon prélèvement à la source » de l’espace Finances publiques. Si le prélèvement automatique est choisi, le complément s’ajoute aux éventuels autres acomptes déjà prélevés.

Lorsque le paiement manuel est retenu, l’usager doit se connecter chaque mois pour valider le versement, qui sera débité sous 2 à 3 jours. Le complément est toujours exigible mensuellement ; aucune option de trimestrialisation n’est possible.